No ano de 1966 foi criado o Departamento de Engenharia Rural (DER), com sede Campus Histórico. Entre 1975 e 1979, grandes novidades surgem no contexto e um surto de progresso e evolução tomam conta do Departamento e da instituição, criando assim, o curso de graduação em Engenharia Agrícola (o segundo do Brasil). Foram construídos laboratórios, salas de aulas, gabinetes para docentes etc. Muitos equipamentos foram adquiridos, bem como veículos e tratores. Para atender a essa demanda o corpo docente do DER foi ampliado com um leque de profissionais de diversos ramos e especialidades da Engenharia.

Em 1982 o Departamento de Engenharia Rural passa a se chamar Departamento de Engenharia (DEG). Nesta década foi executado também estudo preliminar para implantação de um Programa de Pós-Graduação em Engenharia Agrícola, iniciando com o Mestrado em Irrigação e Drenagem. Após definição clara das possibilidades, em 1990 o curso foi implantado após parecer favorável do Grupo Técnico Consultivo (GTC) da CAPES, tendo hoje a nota máxima que é 4. Em 1995, o DEG aprovou junto a CAPES o Programa Especial de Treinamento, PET Engenharia Agrícola, dando oportunidade de capacitação especial a 12 estudantes de graduação do curso de Engenharia Agrícola.

Em 1998, através de seus docentes, é criada a maior feira nacional do agronegocio café, a EXPOCAFÉ, com o propósito de contribuir para a sustentabilidade do agronegócio café. Em 2001, já como resultado do plano de capacitação docente implantado pelo DEG a partir de 1995, o programa de pos-graduação em Engenharia Agrícola expandiu com a criação da área de concentração em Construções Rurais e Ambiência. Em 2002, foi criado o programa de Doutorado em Engenharia Agrícola na área de concentração de Irrigação e Drenagem. Em 2003, foi criada a área de concentração em Máquinas e Automação Agrícola em nível de mestrado e em 2006 iniciou-se também em nível de mestrado a área de concentração em Processamento de Produtos Agrícolas. Não apenas focado na área de ciências agrárias, e fazendo jus a um corpo docente capacitado e multidisciplinar, em 2007 foi criado no DEG em parceria com o Departamento de Ciências Exatas o programa de pós-graduação em Engenharia de Sistemas, em nível de mestrado. Em 2009 foi criado o programa de pós-graduação em Recursos Hídricos em Sistemas Agrícolas, em níveis de mestrado e doutorado.

Atendendo as demandas da sociedade, o DEG, em 2008, tornou-se responsável pelos cursos de graduação em Engenharia Ambiental e Engenharia de Controle e Automação e  no ano de 2014 pelos cursos de Engenharia Civil, Engenharia de Materiais, Engenharia Química e Engenharia Mecânica.